Η πρώτη μεταπολεμική αγωνιστική περίοδος ήταν η πιό άτυχη της ολιγόχρονης ζωής του Ολυμπιακού.
Παρ' όλο ότι έκανε εντυπωσιακές εμφανίσεις, στο τέλος έχασε ακριβώς στο «νήμα» τον τίτλο του πρωταθλητή Θεσσαλίας από τη Νίκη, η οποία τον απέκλεισε και από τον τελικό του «Τζάνειου» και το κύπελλο Ελλάδος
- Στο πρωτάθλημα ο Ολυμπιακός νίκησε την Αναγέννηση 2-0 με γκολ του Βικιώτη με πέναλτυ και του Πάσχου, την Νίκη 1-0 (άνευ αγώνος), τον Κένταυρο 3-0 με γκολ του Μα-λαβέτα 2 και του Βικιώτη τον Παγασητικό 4-1 με γκολ του Βογιατζή, Παππά, Μαλαβέτα και Νάνου, τον Κένταυρο 4-1 με γκολ του Βικιώτη 2, Βλαχάβα, Χαλκιά, ενώ ήλθε ισοπαλία με την Αναγέννηση 2-2, τα γκολ του Ολυμπιακού ο Χατζηνικολάου.
Ύστερα από αυτά τα αποτελέσματα ο Ολυμπιακός είχε να δώσει ένα αγώνα ακόμη με τη Νίκη και με ισοπαλία έστω θα κέρδιζε τον τίτλο.
Στις 12 Μαΐου 1946 στο γήπεδο της Νίκης παρουσία χιλιάδων φιλάθλων έγινε ο αγώ¬νας μεταξύ των δύο μεγάλων αντιπάλων που από την αρχή ήταν δραματικός. Ο Ολυμπια¬κός παρά τις φιλότιμες προσπάθειες των παικτών του, να κρατήσουν ισόπαλο το αποτέ¬λεσμα, τελικά υπέκυψαν σε δύο γκολ των Αλεξανδρίδη και Βαφειάδη.
Ύστερα από το αποτέλεσμα αυτό οι δύο ομάδες ισοβάθμισαν στην πρώτη θέση του πρωταθλήματος και έγινε αγώνας «μπαράζ» για την ανάδειξη της πρωταθλήτριας.
Δυστυχώς όμως για τους Ερυθρόλευκους και στον αγώνα αυτό, ηττήθηκαν και μάλι¬στα με μεγάλο σκορ (8-1) παρ' όλο ότι πέτυχαν πρώτοι τέρμα με το Βογιατζή και έδειξαν ότι δεν θα τους ξέφευγε η νίκη και το πρωτάθλημα.
Και στο «Τζάνειο» όμως κύπελλο που έγινε για πρώτη φορά στη μνήμη του δολοφονη-θέντα από τους Γερμανούς ιατρού Τζάνου - προέδρου της ΕΠΣΟ - δεν είχε καλύτερη τύ¬χη ο Ολυμπιακός. Έπεσε στα ημιτελικά «πάνω» στη Νίκη και ενώ στο πρώτο αγώνα πήρε ισοπαλία 1-1 στον επαναληπτικό αγώνα ηττήθηκε 2-3. Στο κύπελλο Ελλάδος ηττήθηκε πάλι από τη Νίκη 3-4 και αποκλείσθηκε. Στον Ολυμπιακό του 1946 έπαιζαν: Χιώτης, Ζωϊτόπου-λος, Μπάγιας, Γαλάνης, Βλαχάβας, Πάσχος, Νάνος, Ζίφκος, Αγριώτης, Βικιώτης, Γ. Παπ-πάς, Χατζηνικολάου, Μαλαβέτας, Βογιατζής, Χαλκιάς, Ευαγγ. Μουστάκας, Γεώργιος Μου¬στάκας, Κων. Χασακός, Ευαγ. Γκούλιος κ.α.